環境DNA技術を全体的に把握したい方向けに主要論文などの情報をまとめました。
遺伝子情報やアミノ酸、タンパク質などの配列情報は日々蓄積されています。ここでは塩基配列には限定せず、様々な用途に使用される公共データベース、検索システム、バイオリソースについてまとめています。 文献を検索する Semantic ScholarはAIを活用した科学的な文献探索ツール。引用数や影響度での文献ソートやPDFの有無でのフィルタリング検索も可能。Chromeの拡張機能を使うと簡単に論文検索が実施できる。 リファレンスデータを用意する Ensembleはゲノム解読された真核生物を対象に自動アノテーションを行い、データベースとして公開。相同性検索やデータのダウンロー...
手元のPCで ntデータベース を使用する機会があり、その際に時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。
水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species
- 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
- DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
- 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
- プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
Sterivexフィルターを使用した環境DNAの抽出・精製・測定のための改良されたプロトコルの野外適用 Field application of an improved protocol for environmental DNA extraction, purification, and measurement using Sterivex filter
核18S rRNA領域を標的とした頭足動物 (軟体動物) の環境DNA分析のための新規メタバーコーディングプライマーペア
Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。 Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで配列を検索したりするときに使うこのページそのものだと思っていただいたらいいと思います。
Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。
上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第六弾です。今回は「Developments of new techniques(新技術の発展)」の章を扱います。