環境DNAで使用するデータベースを構築するスクリプトを作ってみたので解説します。分類群に依存せず魚類の他にも鳥類や両生類などにも対応しています。

ChatGPTやGeminiなどの対話型AIが普及しており、使わない日は無いかと思います。

これらのツールはWebブラウザ経由での利用が一般的ですが、一方、Local LLM(Large language model) と呼ばれる手元や社内...

鳥類の検出ツールとしての環境DNAの可能性を実証

Demonstration of the potential of environmental DNA as a tool for the detection of avian species

μCeta: 非標的脊椎動物の増幅を最小限に抑えた環境DNAメタバーコーディングのためのクジラ目特異的プライマーセット μCeta: A Set of Cetacean-Specific Primers for Environmental DNA Metabarcoding With Minimal Amplification of Non-Target Vertebrates

水生昆虫における環境DNAメタバーコーディング: mtDNA 16S領域に基づくMtInsects-16SプライマーセットとmtDNA COI領域に基づく汎用マーカーの比較

Environmental DNA metabarcoding on aquatic insects: Comparing the primer sets of MtInsects‐16S based on the mtDNA 16S and general marker based on the mtDNA COI region

Ficetolaが2008年に環境DNAでウシガエルを検出した事をきっかけに、環境DNAの検出技術は特定の種のみならず、複数種の同時検出が可能となりました。また、近年ではさらに生物の状態を反映するRNAの検出ができるようになってきています。

環境DNA技術を全体的に把握したい方向けに主要論文などの情報をまとめました。

遺伝子情報やアミノ酸、タンパク質などの配列情報は日々蓄積されています。ここでは塩基配列には限定せず、様々な用途に使用される公共データベース、検索システム、バイオリソースについてまとめています。...

手元のPCで ntデータベース を使用する機会があり、その際に時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。

水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species

• 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
• DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
• 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
• プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
• レビュー論文: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ens.12616 🎉