環境DNA論文について

Ficetolaが2008年に環境DNAでウシガエルを検出した事をきっかけに、環境DNAの検出技術は特定の種のみならず、複数種の同時検出が可能となりました。また、近年ではさらに生物の状態を反映するRNAの検出ができるようになってきています。

全世界で活発に研究されている環境DNAについて少しでも理解しやすくなるようにこのページを作りました。ぜひ仕事や研究に有効活用していただければと思います。時々更新します。

環境DNA論文 (2008 ~ 2025年)

2008 〜 2025年までの環境DNA論文を対象に、自作スクリプトで取得した情報を手動で修正し、タイトルは自動翻訳もて日本語で検索できるようにしました。ただ、正しくないものも多いので注意してください。

結構漏れていると思うのである程度の期間は頻繁に更新します。

最終更新: 2026/01/02

環境DNAプレプリント (2017 ~ 2025年)

過去5年分のBiorxiv ( https://www.biorxiv.org/ ) で公開されている論文をまとめました。すでにPublishされているものもあります。また、査読前の状態のものもありますが技術として注目すべきものもあると思います。

最終更新: 2026/01/02

環境DNAのプライマー整備状況

環境DNAの取得意的なプライマーに関連する情報をまとめました。

注意点として、プライマー開発の後に分類体系の見直しが行われる場合があります。使用する場合は系統樹描くか、組織サンプルなどを用いて検証をするようにしてください。

また、使用される際にはPrimer blastやTm calculatorなどで種特異性とアニーリング温度を確認し、文献中の条件に十分注意したうえでご使用ください。加えて、プローブの蛍光色素の選択にも注意して使用してください。

表はキーワード検索をかけて、種特異的プライマーの表記をクリックすると開発論文ページにリンクするようになっています。

淡水魚種

環境省生物多様性センターが発表した「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」に掲載されているMiFishプライマー領域のDNA配列の有無と種特異的プライマーに関する論文の有無についてまとめた表になります。

種特異的プライマーの整備状況は把握しているものについて追記しました。学名をクリックするとNCBI Taxonomy browser (http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi) へ飛びます。

複数種を対象としたユニバーサルプライマーについてはこちらを参照ください。

MiFish配列の有無の表記をクリックで、NCBI genbankに学名 + 12sで検索がかかるようにしました。

• 最終更新: 2026/01/23
• 参考: 生物多様性センター: リファレンス (MiFish配列)登録状況及び種特異的プライマー整備状況一覧: Excel形式

1. MiFish 法での識別
   • ◎：MiFish 法で種(もしくは亜種・系統)レベルの同定が可能な種
   • △：MiFish 法で種(もしくは亜種・系統)レベルの同定が難しいと判断された種
2. MiFish 領域の有無
   • ◎：登録配列あり、×：登録配列なし

Note

1. リファレンス(MiFish配列)登録状況及び種特異的プライマー整備状況一覧(2025年3月時点) +α
2. 種内系統の存在が知られているものについては、種内系統名が併記された和名が記載されています
3. MiFish配列の登録の有無で、○は登録があることを、×は登録がないことを示しています。
4. MiFish法における種・種内系統の識別性は、◎は種レベルで識別が可能、△は同属の別種(もしくは別亜種)と識別が不可能、もしくはMiFish配列が完全に一致する海外産の種が存在することにより識別に注意が必要なものを示します。なお、この識別性は、本資料作成時点におけるものであり、確定したものではありません。今後、国際塩基配列データベース上に登録されるリファレンスが増えることで、種の識別性に対する判断が変更される可能性があります。
5. 種特異的検出用プライマーの有無の欄は、種特異的検出用のPCRプライマーセットの情報が記載されており、リアルタイムPCRで検出する際の方法を記載しています。
6. ★がついている情報は既報論文があったため情報を追加したものになります。

海産魚類

日本近海に生息する海産魚類についても情報をまとめました。こちらはオリジナル情報です。

• 最終更新: 2026/01/04

1. MiFish 法での識別
   • ◎：MiFish 法で種(もしくは亜種・系統)レベルの同定が可能な種
   • △：MiFish 法で種(もしくは亜種・系統)レベルの同定が難しいと判断された種
2. MiFish 領域の有無
   • ◎：登録配列あり、×：登録配列なし

MiFishプライマーを用いた魚類相解析に係る誤同定チェックシート

MiFishプライマーでの魚類相調査の際、結果の精査時に使用することが望ましいサポートツールです。配列データの誤同定配列のチェックシートなどがまとめられています。

最終更新: 2026/01/04

• MiFish法に係る誤同定チェックシート ver.1.3 (2025年3月版): Excel形式
  • 資料1:
    • MiFish法に係る誤同定チェックシートの使い方に関する解説書: PDF形式
  • 資料2:
    • MiFish法における種の識別性を確認するための分子系統樹 : PDF形式
  • 参考資料1:
    • MiFish法における種の識別性に関する判定基準 : PDF形式
  • 参考資料2:
    • MiFish法における種・種内系統の識別性の判定結果一覧 : Excel形式
  • 参考資料3:
    • リファレンス (MiFish配列)登録状況及び種特異的プライマー整備状況一覧: Excel形式

参考: 生物多様性センター

両生類

環境省生物多様性センターが発表した「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」に掲載されているAmph16Sプライマー領域のDNA配列の有無と種特異的プライマーに関する論文の有無についてまとめた表になります。

両生類の環境DNAによる検出事例が増えてきたのでまとめ始めなおしました。

Amph16S配列の有無の表記をクリックで、NCBI genbankに学名 + 16sで検索がかかるようにしました。また、学名をクリックするとNCBI Taxonomy browser (http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi) へ飛びます。

• 最終更新: 2026/01/02
• 参考: 生物多様性センター: リファレンス(Amph16S配列)登録状況及び種特異的プライマー整備状況一覧: Excel形式

Note

1. リファレンス(Amph16S)登録配列状況および取得意的プライマー整備状況一覧() +α
2. 種内系統の存在が知られているものについては、種内系統名が併記された和名が記載されています
3. Amph16S配列の登録の有無で、○は登録があることを、×は登録がないことを示しています
4. Amph16S法における種・種内系統の識別性の欄は、◎は種レベルで識別が可能であることを、△は同属の別種(もしくは別亜種)と識別が不可能、もしくはAmph16S配列が完全に一致する海外産の種が存在することにより識別に注意が必要なものを示します。なお、この識別性は、本資料作成時点におけるものであり、確定したものではありません。今後、国際塩基配列データベース上に登録されるリファレンスが増えることで、種の識別性に対する判断が変更される可能性があります。
5. 種特異的検出用プライマーの有無の欄は、種特異的検出用のPCRプライマーセットの情報が記載されており、リアルタイムPCRで検出する際の方法を記載しています。
6. ★がついている情報は既報論文があったため情報を追加したものになります。

魚類と両生類以外の生物種

こちらはオリジナル情報です。

学名をクリックするとNCBI Taxonomy browser (http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi) へ飛びます。また、Species specific primerは論文へのリンクになっています。

• 最終更新: 2026/01/02