遺伝子情報やアミノ酸、タンパク質などの配列情報は日々蓄積されています。ここでは塩基配列には限定せず、様々な用途に使用される公共データベース、検索システム、バイオリソースについてまとめています。

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手元のPCで ntデータベース を使用する機会があり、その際に時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。

水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species

• 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
• DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
• 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
• プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
• レビュー論文: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ens.12616 🎉

Sterivexフィルターを使用した環境DNAの抽出・精製・測定のための改良されたプロトコルの野外適用 Field application of an improved protocol for environmental DNA extraction, purification, and measurement using Sterivex filter

核18S rRNA領域を標的とした頭足動物 (軟体動物) の環境DNA分析のための新規メタバーコーディングプライマーペア

A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis of Cephalopoda (Mollusca) targeting the nuclear 18S rRNA region

Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。 Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで配列を検索したりするときに使うこのページそのものだと思っていただいたらいいと思います。

Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。

MiFish metabarcoding: a high-throughput approach for simultaneous detection of multiple fish species from environmental DNA and other samples

上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。

魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第六弾です。今回は「Developments of new techniques(新技術の発展)」の章を扱います。

魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第五弾です。今回は 第6章: さまざまな水生環境での実証研究のレビューを扱います。

「実際のフィールドで MiFish がどこまで通用するのか」「環境が変わると何がボトルネックになるのか」を、海・淡水・河口(汽水)に分けて整理している章です。