環境DNAで使われているメタバーコーディングプライマーを中心にまとめました。 基本的にMi ~と名の付くプライマーはMiseqの150PEで解読できるようになっているそうです。 Note プライマー配列は一度Primer Blastして期待する分類群を増幅するか・期待しない分類群を増幅しないか、組織を用いた実験などをして挙動は事前確認しましょう。 多様性検出 魚類 (Osteichthyes, Chondrichthyes, Cyclostomata) プライマー名 配列 (5’→3') 出典 MiFish-U-F(硬骨魚類) GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC Miya et al. 2015 MiFish-U-R (硬骨...
水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species
- 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
- DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
- 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
- プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
Sterivexフィルターを使用した環境DNAの抽出・精製・測定のための改良されたプロトコルの野外適用 Field application of an improved protocol for environmental DNA extraction, purification, and measurement using Sterivex filter
核18S rRNA領域を標的とした頭足動物 (軟体動物) の環境DNA分析のための新規メタバーコーディングプライマーペア
上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第六弾です。今回は「Developments of new techniques(新技術の発展)」の章を扱います。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第五弾です。今回は 第6章: さまざまな水生環境での実証研究のレビューを扱います。
「実際のフィールドで MiFish がどこまで通用するのか」「環境が変わると何がボトルネックになるのか」を、海・淡水・河口(汽水)に分けて整理している章です。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の和訳第二弾です。まだ、数パート続きます。
研究課題を考える学生さんや新しく始める人などの仕事や研究の手助けになれば嬉しいです。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の和訳第三弾です。まだ、数パート続きます。研究課題を考える学生さんや新しく始める人などの仕事や研究の手助けになれば嬉しいです。 MiFishメタバーコーディング：環境DNAおよびその他のサンプルから複数の魚種を同時に検出するためのハイスループットなアプローチ MiFish metabarcoding: a high-throughput approach for simultaneous detection of multiple fish species from environmental...
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish: マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の和訳第二弾です。まだ数パート続きます。研究課題を考える学生さんや、新しく始める人などの仕事・研究の手助けになれば嬉しいです。