μCeta: 非標的脊椎動物の増幅を最小限に抑えた環境DNAメタバーコーディングのためのクジラ目特異的プライマーセット μCeta: A Set of Cetacean-Specific Primers for Environmental DNA Metabarcoding With Minimal Amplification of Non-Target Vertebrates
水生昆虫における環境DNAメタバーコーディング: mtDNA 16S領域に基づくMtInsects-16SプライマーセットとmtDNA COI領域に基づく汎用マーカーの比較
環境DNAで使われているメタバーコーディングプライマーを中心にまとめました。 基本的にMi ~と名の付くプライマーはMiseqの150PEで解読できるようになっているそうです。
Note
プライ...
水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species
- 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
- DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
- 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
- プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
- レビュー論文: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ens.12616 🎉
Sterivexフィルターを使用した環境DNAの抽出・精製・測定のための改良されたプロトコルの野外適用 Field application of an improved protocol for environmental DNA extraction, purification, and measurement using Sterivex filter
核18S rRNA領域を標的とした頭足動物 (軟体動物) の環境DNA分析のための新規メタバーコーディングプライマーペア
上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第六弾です。今回は「Developments of new techniques(新技術の発展)」の章を扱います。
魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第五弾です。今回は 第6章: さまざまな水生環境での実証研究のレビューを扱います。
「実際のフィールドで MiFish がどこまで通用するのか」「環境が変わると何がボトルネックになるのか」を、海・淡水・河口(汽水)に分けて整理している章です。