MiFishプライマーを使った環境DNAメタバーコーディングでは、最終的に「どのサンプルで、どの魚種が、どの程度読まれたか」というテーブルが得られます。PMiFish のようなパイプラインを使えば、Raw FASTQから種同定までは比較的ス...

鳥類の検出ツールとしての環境DNAの可能性を実証

Demonstration of the potential of environmental DNA as a tool for the detection of avian species

μCeta: 非標的脊椎動物の増幅を最小限に抑えた環境DNAメタバーコーディングのためのクジラ目特異的プライマーセット μCeta: A Set of Cetacean-Specific Primers for Environmental DNA Metabarcoding With Minimal Amplification of Non-Target Vertebrates

水生昆虫における環境DNAメタバーコーディング: mtDNA 16S領域に基づくMtInsects-16SプライマーセットとmtDNA COI領域に基づく汎用マーカーの比較

Environmental DNA metabarcoding on aquatic insects: Comparing the primer sets of MtInsects‐16S based on the mtDNA 16S and general marker based on the mtDNA COI region

環境DNAで使われているメタバーコーディングプライマーを中心にまとめました。 基本的にMi ~と名の付くプライマーはMiseqの150PEで解読できるようになっているそうです。

Note

プライマ...

水生昆虫のDNAメタバーコーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見 Development of novel PCR primer sets for DNA metabarcoding of aquatic insects, and the discovery of some cryptic species

• 掲載誌: Limnology (Springer) / オンライン公開：2023-01-03(ページ：121–136)
• DOI: 10.1007/s10201-022-00710-5
• 日本の研究.com プレスリリース: https://research-er.jp/articles/view/118359
• プレプリント: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.467390v1.full
• レビュー論文: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ens.12616 🎉

Sterivexフィルターを使用した環境DNAの抽出・精製・測定のための改良されたプロトコルの野外適用 Field application of an improved protocol for environmental DNA extraction, purification, and measurement using Sterivex filter

核18S rRNA領域を標的とした頭足動物 (軟体動物) の環境DNA分析のための新規メタバーコーディングプライマーペア

A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis of Cephalopoda (Mollusca) targeting the nuclear 18S rRNA region

MiFish metabarcoding: a high-throughput approach for simultaneous detection of multiple fish species from environmental DNA and other samples

上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。

魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish)の開発者本人によるレビュー論文の和訳(要約)第六弾です。今回は「Developments of new techniques(新技術の発展)」の章を扱います。