手元のPCで ntデータベース を使用する機会があり、その際に時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。
Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。 Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで配列を検索したりするときに使うこのページそのものだと思っていただいたらいいと思います。
Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。
上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。
MitoFish と MiFish パイプライン：環境DNAメタバーコーディングのための分析パイプラインを備えた魚類のミトコンドリアゲノムデータベース