解析 %!s(<nil>) カテゴリ %!s(<nil>) はじめての環境DNA

解析実務者向け発展

PMiFishとTaxonDBBuilderを使ってMiFish環境DNAデータをMaAsLin3で解析

MiFishプライマーを使った環境DNAメタバーコーディングでは、最終的に「どのサンプルで、どの魚種が、どの程度読まれたか」というテーブルが得られます。PMiFish のようなパイプラインを使えば、Raw FASTQから種同定までは比較的ス...

データベース実務者向け中級

環境DNAで使用するデータベースを構築するスクリプトを作ってみたので解説します。分類群に依存せず魚類の他にも鳥類や両生類などにも対応しています。

データベース実務者向け発展

2022年3月26日11分間解析

手元のPCで ntデータベースを使用する機会があり、その際に時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。

記事初学者から実務者まで発展

2021年2月27日14分間解析

Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。 Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで配列を検索したりするときに使うこのページそのものだと思っていただいたらいいと思います。

記事初学者から実務者まで入門

2021年1月24日4分間解析

Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。

記事初学者から実務者まで中級

上記論文で使用された ASV 法を採用した、新しい MiFish パイプライン PMiFish の紹介です。

記事初学者から実務者まで入門

MitoFish と MiFish パイプライン：環境DNAメタバーコーディングのための分析パイプラインを備えた魚類のミトコンドリアゲノムデータベース